2026년 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 신고·신청 기간이 다가왔습니다.
종부세 합산배제 신고기간은 2026년 9월 16일부터 9월 30일까지가 신고·신청 기간입니다.
국세청은 올해 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 적용이 예상되는 납세자 약 4만 8천 명에게 안내문을 발송했습니다. 해당되는 납세자가 기간 안에 신고·신청하면 11월 정기고지 때 해당 주택 등을 종부세 과세대상에서 제외하거나 1세대1주택자 등으로 과세받는 특례를 적용받을 수 있습니다.
그렇다면 종부세 합산배제 대상은 누구이고, 홈택스에서는 어떻게 신고해야 할까요?
이번 글에서는 2026년 종부세 합산배제 신고기간부터 대상, 홈택스 신청방법, 과세특례, 주의사항까지 한 번에 정리해 보겠습니다.
1.2026년 종부세 합산배제 신고기간은 언제일까?
가장 먼저 날짜를 기억해야 합니다.
2026년 9월 16일 ~ 9월 30일 입니다.
국세청은 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 대상자가 이 기간에 신고 ·신청하도록 안내하고 있습니다.
이이번신고 ·신청을 통해 11월 종부세 정기고지 때 합산배제 또는 과세특례가 반영될 수 있습니다.
2.종부세 합산배제란 무엇일까?
종합부동산세는 모든 주택을 단순하게 합산해서 세금을 계산하는 것이 아닙니다.
법에서 정한 일정 요건을 충족하는 임대주택이나 사원용주택 등은 종부세 과세표준에 합산하지 않는 제도가 있습니다.
이것이 바로 합산배제입니다.
쉽게 말하면,
일정 요건을 충족하는 부동산을 종부세 계산 대상에서 제외하는 제도
라고 이해하면 됩니다.
국세청도 합산배제가 적용되면 해당 주택을 주택분 종합부동산세 과세표준에 합산되는 주택의 범위에서 제외한다고 안내하고 있습니다.
3. 종부세 합산배제 대상은 누구일까?
국세청이 안내하는 합산배제 및 과세특례에는 여러 유형이 있습니다.
대표적으로 다음과 같습니다.
중요한 것은 모든 임대주택이나 2주택이 자동으로 합산배제되는 것은 아니라는 점입니다.
각각 별도의 요건을 확인해야 합니다.
4.임대주택 종부세 합산배제
종부세 합산배제에서 대표적인 것이 임대주택입니다.
국세청은 임대주택에 대해 주택 유형, 전용면적, 주택 수, 공시가격, 임대기간, 임대료 증가율 등 여러 요건을 구분해 안내하고 있습니다.
예를 들어 2025년 6월 4일 이후 등록한 민간건설 단기임대주택은 국세청 안내상 일정 요건을 충족해야 합니다.
대표적으로
○주거전용면적
○주택 수
○공시가격
○임대기간
○임대료 증가율
등을 함께 확인해야 합니다.
따라서 단순히
“임대사업자로 등록했으니 종부세 합산배제”
라고 판단해서는 안 됩니다.
5.사원용 주택도 합산배제 대상이 될 수 있다
회사나 사업자가 종업원의 주거를 위해 제공하는 주택 중에서도 일정 요건을 충족하면 합산배제를 적용받을 수 있습니다.
국세청은 사원용주택 등에 대해 별도의 합산배제 신고서를 제출하도록 하고 있으며, 해당 요건을 충족하면 주택분 종부세 과세표준에 합산하지 않습니다.
다만 사원용주택 역시
국민주택규모 이하 또는 일정 공시가격 이하
등 구체적인 요건이 있으므로 해당 주택이 요건을 충족하는지 확인해야 합니다.
6.주택신축용 토지도 합산배제될 수 있다
부동산 개발이나 재건축·재개발 사업과 관련해서 특히 주의해서 볼 부분입니다.
주택건설사업자가 주택을 건설하기 위해 취득한 토지 중 일정 요건을 충족하는 토지는 주택신축용 토지 합산배제 대상이 될 수 있습니다.
국세청은 주택건설사업자가 보유한 토지 가운데 취득일부터 5년 이내에 주택법상 사업계획 승인을 받은 종합합산과세대상 토지 등을 대상으로 안내하고 있습니다.
따라서 정비사업이나 주택건설사업 관련 토지를 보유하고 있다면 해당 여부를 별도로 확인할 필요가 있습니다.
7.일시적 2주택자는 종부세 과세특례를 확인해야 한다
여기서 중요한 부분이 있습니다.
일시적 2주택 특례는 임대주택 합산배제와 같은 개념이 아닙니다.
1세대1주택자가 기존 주택을 양도하기 전에 새로운 주택을 취득하여 일시적으로 2주택이 된 경우, 일정 요건을 충족하면 종부세에서 1세대1주택자로 보는 특례를 신청할 수 있습니다.
국세청은 과세기준일인 6월 1일 현재 신규주택 취득일부터 3년이 경과하지 않은 경우 등을 대상으로 안내하고 있습니다.
따라서 일시적 2주택자는
“2주택이니까 종부세에서 무조건 불리하다”
고 단순하게 판단할 것이 아니라 과세특례 적용 여부를 확인해야 합니다.
8.상속받은 주택도 특례가 있을까?
상속으로 주택을 취득한 경우에도 일정 요건을 충족하면 종부세 주택 수 판단에서 특례를 받을 수 있습니다.
국세청은 상속개시일부터 5년이 지나지 않은 상속주택 등을 일정 요건 아래 주택 수 산정에서 제외하는 특례를 안내하고 있습니다.
또한 5년이 지난 경우에도 일정 지분율이나 공시가격 요건을 충족하면 특례가 적용될 수 있으므로 상속주택을 보유하고 있다면 단순히 “2주택”으로 판단해서는 안 됩니다.
9.소형 신축주택도 주택 수 특례가 있다
2026년 종부세를 확인할 때 소형 신축주택 관련 특례도 확인할 필요가 있습니다.
국세청 안내에 따르면 일정 요건을 충족하는 소형 신축주택은 세율 적용 시 주택 수 산정에서 제외될 수 있습니다.
예를 들어 일정 요건에서는
○ 2024년 1월 10일~2027년 12월 31일 취득
○ 전용면적 60㎡ 이하
○ 취득가액 6억 원 이하
○ 수도권 밖은 3억 원 이하
○ 아파트가 아닌 주택
○ 일정 기간 내 준공
등의 요건을 확인해야 합니다.
다만 이것은 모든 소형주택에 자동 적용되는 제도가 아닙니다.
구체적인 취득일과 준공일, 면적, 취득가격, 주택 유형 등을 모두 확인해야 합니다.
10.종부세 합산배제 신고는 홈텍스에서 어떻게 할까?
이 부분이 실제 검색자가 가장 궁금해하는 내용입니다.
2026년 합산배제 신고는 홈택스를 이용해 전자신고할 수 있습니다.
기본적인 접근 방법은 다음과 같이 확인하면 됩니다.
홈택스 접속
로그인 후 종합부동산세 관련 신고 메뉴에서 합산배제 및 과세특례 신고 화면으로 이동합니다.
국세청 홈택스의 종합부동산세 합산배제 신고 화면에서는 납세자 정보를 확인하고 신고서를 작성한 뒤 제출하도록 되어 있습니다. 손택스의 동일 신고 화면에서도 합산배제 신고가 별도로 제공되고 있습니다.
홈텍스에서 합산배제 신청방법과 신고방법이 자세히 나와 있는 블로그도 있습니다. 참고해보세요.
실제 홈택스 화면은 서비스 개편에 따라 메뉴명이 변경될 수 있음
11.홈텍스에서 신고할 때 무엇을 확인해야 할까?
신고 화면에 들어가기 전에 자신의 상황을 먼저 확인하는 것이 좋습니다.
임대주택이라면
○ 주택 유형
○ 임대사업자 등록 여부
○ 주택 수
○ 공시가격
○ 전용면적
○ 임대기간
○ 임대료 증액 여부
○ 등록 말소 여부
등을 확인합니다.
일시적 2주택이라면
○ 기존 주택 취득일
○ 신규 주택 취득일
○ 기존 주택 처분 여부
○ 6월 1일 현재 주택 보유 상황
등을 확인해야 합니다.
상속주택이라면
○ 상속개시일
○ 상속지분
○ 주택 공시가격
○ 현재 보유지분
등을 확인해야 합니다.
12. 기존에 합산배제 신고를 했다면 다시 신고해야 할까?
이 부분도 많이 놓치는 부분입니다.
기존에 종부세 합산배제 신고를 했고 신고 내용에 변동이 없다면 매년 새롭게 신고할 필요가 없는 경우가 있습니다.
국세청은 최초 합산배제 신고 이후 임대주택의 소유권이나 전용면적 등 신고 내용에 변동이 없다면 다음 연도부터 별도의 신고 없이 계속 적용될 수 있다고 안내하고 있습니다.
하지만 중요한 것은 변동이 생긴 경우입니다.
예를 들어
○ 주택을 추가한 경우
○ 주택을 매도한 경우
○ 임대등록이 말소된 경우
○ 전용면적 등 신고내용에 변동이 있는 경우
○ 합산배제 요건을 더 이상 충족하지 않는 경우
등에는 변동신고가 필요한지 확인해야 합니다.
국세청도 2026년 안내에서 기존 신고·신청 내용에 변동이 없는 경우 계속 적용되지만, 임대주택 등록 말소 등으로 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 변동내용을 신고해야 한다고 안내했습니다.
13. 합산배제 요건을 잘못 적용하면 어떻게 될까?
이 부분이 매우 중요합니다.
종부세 합산배제 신고했다고 해서 영구적으로 세금이 면제되는 것은 아닙니다.
사후에 요건을 충족하지 못한 사실이 확인되면 감면받은 종합부동산세액과 이자상당가산액이 부과될 수 있습니다.
예를 들어 임대주택 합산배제를 적용받았지만 이후 임대의무기간이나 임대료 증액 제한 등 관련 요건을 충족하지 못하면 추징 문제가 발생할 수 있습니다.
따라서
“종부세를 줄일 수 있으니까 일단 신고하자.”
라는 접근은 위험합니다.
먼저 요건을 확인하고 신고해야 합니다.
14. 2026년 종부세 합산배제 신고에서 가장 많이 하는 실수
첫 번째
9월 30일까지 신고해야 하는 것을 놓치는 경우
신고기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다.
두 번째
임대주택이면 모두 합산배제된다고 생각하는 경우
임대주택도 유형별 요건이 다릅니다.
세 번째
일시적 2주택 특례와 합산배제를 같은 제도로 생각하는 경우
둘은 적용 방식과 요건이 다릅니다.
네 번째
기존 신고 내용에 변동이 생겼는데 신고하지 않는 경우
등록 말소 등 요건 변화가 발생했다면 반드시 확인해야 합니다.
다섯 번째
홈택스에서 제출만 하고 접수결과를 확인하지 않는 경우
손택스 신고 안내에서도 신고서는 정상 접수된 경우에 신고된 것으로 보며, 신고 후 접수결과를 확인하도록 안내하고 있습니다.
15.신고를 완료했다면 접수 결과를 확인하자
신고서를 작성했다고 끝나는 것이 아닙니다.
반드시 정상적으로 접수됐는지 확인하는 것이 좋습니다.
국세청의 전자신고 화면에서도 신고 후 접수결과를 확인하고 신고내역에서 접수증과 첨부서류 내역 등을 확인할 수 있도록 안내하고 있습니다.
특히 마감일에는 시스템 접속이나 제출 과정에서 시간이 걸릴 수 있으므로 가능하면 9월 30일 당일 늦은 시간까지 미루지 않는 것이 안전합니다.
16.종부세 합산배제와 과세특례는 어떻게 다를까?
두 용어를 구분하면 이해가 쉽습니다.
국세청의 2026년 안내에서도 임대주택 ·사원용주택 ·주택신축용토지 합산배제와 1세대1주택 판단 및 세율적용 주택 수 산정 제외 등의 과세특례를 구분하고 있습니다.
17.2026년 종부세 합산배제 신고 핵심 정리
복잡하게 느껴진다면 이것만 기억해도 됩니다.
① 신고기간
2026년 9월 16일~9월 30일
② 과세기준일
2026년 6월 1일
③ 대표적인 합산배제
임대주택·사원용주택·주택신축용토지 등
④ 대표적인 과세특례
일시적 2주택·상속주택·소형 신축주택 등 관련 특례
⑤ 신고방법
홈택스 또는 관할 세무서
⑥ 기존 신고자
변동이 없다면 계속 적용되는 경우가 있지만, 변동이 있으면 신고 여부 확인 필요
⑦ 가장 중요한 것
요건을 충족하는지 먼저 확인한 후 신고
마무리
2026년 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 신고·신청 기간은 9월 16일부터 9월 30일까지입니다.
특히 올해 처음 합산배제를 신청하는 분이라면 자신의 주택이나 토지가 실제 요건을 충족하는지 먼저 확인하는 것이 중요합니다.
또한 기존에 합산배제 또는 과세특례를 신청했던 분도 올해 주택을 추가하거나 매도했는지, 임대등록이 말소됐는지 등 변동사항이 있는지 확인해야 합니다.
종부세는 주택 수와 공시가격뿐 아니라 6월 1일 현재의 보유 상황과 각종 특례 적용 여부에 따라 결과가 달라질 수 있습니다.
따라서 단순히 “종부세를 줄일 수 있다”는 이유만으로 신고하기보다는 본인이 어떤 특례 대상인지 확인한 후 신고하는 것이 가장 중요합니다.
국세청은 2026년 합산배제 및 과세특례 대상 예상 납세자에게 안내문을 발송했으며, 홈택스를 통한 신고·신청을 안내하고 있습니다.
※ 이 글은 2026년 9월 현재 국세청에서 안내한 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 내용을 바탕으로 작성한 일반적인 정보입니다. 실제 적용 여부와 세액은 주택 종류, 취득·보유 시기, 공시가격, 주택 수, 임대등록 여부 및 개별 법령 요건 등에 따라 달라질 수 있습니다. 실제 신고 전에는 국세청 또는 세무전문가를 통해 본인의 적용 요건을 최종 확인하시기 바랍니다.